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Auf welche spezifischen Marker wird bei einem Covid-19-PCR-Test geachtet?

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Ich habe eine Suche durchgeführt und kann nichts finden, was Covid-19 besonders positiv ausmacht, was es als einzigartig identifiziert. Ich würde erwarten, so etwas zu sehen:

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Die derzeit verwendeten SARS-CoV-2-Diagnosetests, sowohl serologische als auch Nasenabstriche, sind binäre Tests – sie sind entweder positiv oder negativ, wie ein Schwangerschaftstest. Sie melden (noch) keinen Virustiter, wie das erste Bild, das Sie verlinkt haben, oder schauen sich die Muster des "Gen-Fingerprinting" von Restriktionsenzymen an, wie das zweite. Sie sagen Ihnen einfach, ob sich entweder ein Teil des Virus in der Probe befindet (RNA oder Kapsidprotein in den beiden Nasenabstrichtests) oder ob Ihr Immunsystem genug vom Virus gesehen hat, um eine Antikörper-vermittelte Immunantwort (das IgM/ IgG-Bluttests).

Es ist erwähnenswert, dass alle aktuellen Tests in den USA unter Notfallgenehmigungen der FDA verfügbar sind, dh sie haben nicht den üblichen (und zeitaufwändigen) Prozess der vollständigen Qualifizierung und Validierung durchlaufen. Diese Art von Arbeit muss geleistet werden, um quantitative Tests zu entwickeln ("Sie haben einen Virustiter von X, verglichen mit einem durchschnittlichen Bereich von Y bis Z."), die wahrscheinlich in den kommenden Monaten und Jahren erscheinen werden, wenn die entsprechenden Entwicklungsarbeiten durchgeführt werden, um ihre Gültigkeit zu untermauern.


Meines Wissens verwenden alle für die Diagnostik zugelassenen PCR-basierten Tests fluoreszenzmarkierte Reportersonden, die spezifisch für das Virusgenom SARS-COV-2 sind. Bei der Real-Time-PCR wird die Intensität dieses Fluoreszenzsignals in Echtzeit nach jedem Amplifikationszyklus gemessen (Spoiler-Alarm). Das Fluoreszenzsignal nimmt mit der Menge der in einer Reaktion vorhandenen Zielsequenz zu. Wenn das Signal vor einer bestimmten Anzahl von PCR-Zyklen einen bestimmten Grundlinienschwellenwert überschreitet, gilt der Test für dieses Ziel als positiv. Es ist wirklich so einfach, aber es wird viel Arbeit in die Entwicklung und Validierung dieser Schwellenwerte investiert, um sicherzustellen, dass sie für eine empfindliche Erkennung ausreichend sind.

Was die Auslesung als einzigartig für dieses Virus identifiziert, ist das Design der Sonden und der dazugehörigen Primer-Sets. Diese sind so konzipiert, dass sie sehr spezifisch für ein bestimmtes Ziel sind und validiert werden in silico gegen bestehende Sequenzdatenbanken, aber auch empirisch gegen nahe verwandte Organismen oder einfach gegen andere Dinge, die in einem Exemplar vorhanden sein könnten. Sie sollten auch auf konservierte Regionen des Genoms abzielen, bei denen es unwahrscheinlich ist, dass sie mutieren. Die meisten Tests, die ich gesehen habe, verwenden mindestens zwei verschiedene SARS-CoV-2-spezifische Sondenziele und mindestens eine Amplifikationskontrolle (die oft auf ein konserviertes menschliches Gen abzielt), um sicherzustellen, dass die Reaktionsenzyme richtig funktionieren. Die spezifischen Regionen des Genoms, auf die abgezielt wird, können jedoch zwischen verschiedenen Tests variieren.

Die Verwendung von Echtzeit-PCR erspart klinischen Labortechnikern die Zeit und den Aufwand für die Herstellung von Gelen und das Ausführen der amplifizierten PCR-Produkte auf dem Gel, wie im zweiten Beispiel, das Sie gepostet haben. Dies verbessert nicht nur die Durchlaufzeit für Testergebnisse, sondern spart auch unzählige Arbeitsstunden für die klinischen Labors, die diese Tests verarbeiten, insbesondere wenn man bedenkt, wie viele Tests derzeit verarbeitet werden.

Wie bei jedem Nukleinsäuretest kann ein positives Ergebnis nur anzeigen, ob das Ziel vorhanden ist (oder war). Es gibt Klinikern keine Informationen darüber, ob es sich aktiv repliziert oder sogar infektiös ist. Im Allgemeinen ist diese Art von Tests jedoch hochsensibel und spezifisch, wenn sie richtig konzipiert und validiert wird.


Schau das Video: Point-of-Care Covid-19 PCR Test Device (Kann 2022).